Hasil informasi yang diperoleh menyebutkan bahwa pura Pegonjongan disamping memiiki kaitan dengan masyarakat Batur Kintamani, juga memiliki relasi yang kuat dengan keberadaan kerajaan Balingkang dengan raja yang bergelar Ida Ratu Sri Aji Jaya Pangus. Pelinggih utama yang ada di pura Pegonjongan diantaranya Puri Kanginan yang dipercaya sebagai tempat pemujaan terhadap ratu Ayu Subandar yang diposisikan sebagai aspek feminim dari dewa pengatur segala kegiatan perdagangan, pelayaran dan pelabuhan laut di Bali.
Kemudian ada pura Beji di area dekat aliran sungai kecil pada Tapak terdapat sebuah pura Beji yang sangat disakralkan. Sumber air tawar ini konon dibuat oleh Kebo Iwa, seorang patih Bali yang tersohor. Air tawar yang terdapat didalamnya hanya diambil umat untuk keperluan upacara dan ritual saja.
Kemudian ada Batu Kerug yang diyakini sangat berperan dalam terjadinya fenomena alam kilat di langit. Keberadan Batu Kerug disebutkan oleh narasumber yang memiliki keterkaitan dengan keberadaan batu serupa di pura Lingsar dan di gunung Rinjani Lombok. Ada juga area konsentrasi temuan benda sakral tempat ditemukannya benda-benda sakral pada jamannya yang tetap disucikan yang berada di selatan Pelinggih Puri Kawanan.
Lalu ada Puri Kawanan yang diyakini sebagai tempat resmi sang dewa dalam menerima segala tamu yang berkunjung. Selain sebagai tempat memuja Ratu Ngurah Subandar, Puri Kawanan juga dimaknai sebagai tempat pemujaan terhadap beberapa tokoh dewa lainnya. Seperti Ida Bhatara Lingsir, Ratu Gede dan Ratu Ngurah Lanang. Tokoh dewa yang disebutkan terakhir diyakini sebagai putra dari tokoh Bhatara utama yang berstana di pura Dalem Ped Nusa Penida.
Selain sebagai pura Segara, Pegonjongan juga menjadi sebuah pura utama bagi komunitas warga Baliaga yang bermukim di wilayah Batur Kintamani, Blandingan, serta desa Petak di wilayah Gianyar.
