Pura Pegonjongan merupakan sebuah tempat suci yang memiliki makna dan kaitan mendalam dengan sejarah dan budaya Bali, terutama bagi masyarakat Batur Kintamani dan kerajaan Balingkang yang pernah berdiri di Bali. Selain itu, pura ini juga memiliki hubungan yang erat dengan keberadaan raja yang bergelar Ida Ratu Sri Aji Jaya Pangus. Sebagai salah satu pura yang sangat dihormati, Pegonjongan menjadi tempat yang kaya dengan simbolisme religius yang berhubungan dengan kekuatan dan pengaruh para dewa dalam kehidupan masyarakat Bali.
Pelinggih utama di Pura Pegonjongan sangat beragam dan masing-masing memiliki peran sakralnya sendiri. Salah satu pelinggih yang penting di pura ini adalah Puri Kanginan, yang dipercaya oleh umat sebagai tempat pemujaan terhadap Ratu Ayu Subandar. Ratu Ayu Subandar diposisikan sebagai aspek feminin dari dewa yang mengatur segala kegiatan perdagangan, pelayaran, dan pelabuhan laut di Bali. Keberadaan Puri Kanginan menegaskan pentingnya keberkahan dan kesuburan dalam aspek ekonomi dan sosial kehidupan masyarakat Bali, terutama dalam konteks perdagangan dan hubungan maritim.
Di area sekitar Pura Pegonjongan, terdapat pula sebuah pura Beji yang terletak di dekat aliran sungai kecil. Pura ini sangat disakralkan oleh masyarakat setempat, dan sumber air tawar yang ada di dalamnya dianggap memiliki kekuatan spiritual yang besar. Konon, air tawar ini dibuat oleh Kebo Iwa, seorang patih terkenal yang hidup di Bali pada masa lampau. Sumber air ini hanya diambil untuk keperluan upacara dan ritual, sebagai sarana untuk memperoleh berkah dari dewa-dewa yang dihormati di tempat tersebut. Keberadaan pura Beji menandakan betapa pentingnya air dalam kehidupan spiritual masyarakat Bali, yang dianggap sebagai sumber kehidupan yang tidak hanya penting secara fisik tetapi juga secara spiritual.
Salah satu elemen penting lainnya yang ada di Pura Pegonjongan adalah Batu Kerug. Batu ini diyakini memiliki peran penting dalam fenomena alam, khususnya terkait dengan terjadinya kilat di langit. Batu Kerug ini sangat dihormati dan disebut-sebut memiliki keterkaitan dengan batu serupa yang ada di pura Lingsar dan di Gunung Rinjani, Lombok. Keberadaan Batu Kerug menjadi simbol dari hubungan antara alam semesta dan kekuatan yang mengendalikan fenomena alam. Batu ini tidak hanya dilihat sebagai benda fisik, tetapi juga sebagai penanda adanya hubungan spiritual antara manusia dan alam, yang saling berinteraksi dalam harmoni yang tak terpisahkan.
Di selatan Pelinggih Puri Kawanan, terdapat sebuah area yang dikenal sebagai konsentrasi temuan benda sakral. Tempat ini merupakan lokasi ditemukannya benda-benda sakral pada masa lalu, yang hingga kini tetap disucikan oleh umat. Keberadaan benda-benda sakral ini menambah dimensi spiritual yang mendalam bagi Pura Pegonjongan, yang tidak hanya sebagai tempat pemujaan tetapi juga sebagai saksi sejarah bagi masyarakat Bali. Keberadaan benda-benda ini menjadi simbol penghormatan terhadap warisan budaya yang sangat berharga bagi kehidupan spiritual masyarakat Bali, yang menjaga kelestarian dan kesucian benda-benda tersebut sebagai bagian dari kehidupan mereka.
Puri Kawanan sendiri merupakan tempat yang sangat penting dalam struktur keagamaan di Pura Pegonjongan. Puri Kawanan diyakini sebagai tempat resmi bagi sang dewa dalam menerima tamu yang berkunjung. Selain sebagai tempat pemujaan bagi Ratu Ngurah Subandar, Puri Kawanan juga dipersembahkan untuk memuja beberapa tokoh dewa lainnya, seperti Ida Bhatara Lingsir, Ratu Gede, dan Ratu Ngurah Lanang. Ratu Ngurah Lanang, yang diyakini sebagai putra dari Bhatara utama yang berstana di Pura Dalem Ped, Nusa Penida, juga memiliki peran penting dalam kehidupan spiritual masyarakat Bali. Puri Kawanan, dengan keberadaannya yang agung, menjadi simbol dari sambutan terhadap tamu-tamu yang datang dengan penuh rasa hormat dan doa.
Selain itu, Pura Pegonjongan memiliki makna yang sangat penting bagi komunitas warga Baliaga yang bermukim di wilayah Batur Kintamani, Blandingan, serta desa Petak di wilayah Gianyar. Pura ini menjadi tempat utama bagi mereka untuk memohon berkah dan petunjuk dari para dewa, dan juga menjadi pusat kegiatan religius bagi masyarakat Baliaga. Sebagai pura Segara, Pegonjongan juga memiliki makna yang kuat dalam menjaga hubungan masyarakat dengan kekuatan alam, khususnya laut dan segala makhluk yang ada di dalamnya.
Pura Pegonjongan bukan hanya sekadar tempat suci, tetapi juga menjadi pusat kehidupan spiritual yang sangat integral dengan sejarah dan kebudayaan Bali. Keberadaan berbagai pelinggih dan benda sakral di dalamnya menunjukkan betapa pentingnya tempat ini bagi masyarakat, yang menjaga warisan budaya dan agama mereka dengan penuh kesucian. Melalui ritual dan upacara yang dilaksanakan di pura ini, masyarakat Bali tidak hanya menghubungkan diri mereka dengan dewa-dewa, tetapi juga dengan alam semesta yang mereka anggap sebagai sumber kehidupan dan berkah.
